Ele é a terceira fortaleza do tripé de defesa da Baía de Todos os Santos, construído no século XVII para defender a cidade das invasões pelo mar. O Forte de Santo Antônio da Barra está situado na ponta do Largo do Farol da Barra, antiga Ponta do Padrão e na linha de defesa, é antecedido pelos fortes Santa Maria e São Diogo, todos construídos na Praia da Barra.
Foi ali que Gonçalo Coelho teria fundeado com sua esquadra e colocou o monumento que até hoje existe, demarcando a posse para a Coroa Portuguesa, a 01 de novembro de 1501: conforme calendário católico da época, como o Dia de Todos os Santos.
O forte integra o Projeto de Revitalização das Fortalezas Históricas de Salvador, da Secretaria de Cultura e Turismo em parceria com o Exército Brasileiro, implantado desde 1998 com recursos oriundos da Fundação de Assuntos do Mar (ProMar) para abrigar o Museu Náutico da Bahia, que mantém em acervo peças de arqueologia submarina, réplicas de embarcações, equipamentos para navegação, cartas náuticas e outros documentos.
Construído a partir de 1 596, no formato de um polígono octogonal, é um dos mais importantes acervos naval da história de Salvador, e, ao mesmo tem pó, um dos locais de maior beleza para quem não apenas aprecia a história do Brasil Colônia, e em particular, de Salvador, a primeira capital do país, mas também pela paisagem proporcionada pela vista da Baía de Todos os Santos,
Administrado pela Marinha do Brasil, o forte foi restaurado entre 1974 e 1975, para a instalação da Seção do Museu Naval e Oceanográfico (Museu de Hidrografia, especializado em hidrografia e cartografia náutica) nas suas dependências.